微量元素对小麦的生长发育起着大量元素（如氮、磷、钾等）无法替代的作用，科学地增施微量元素肥料是确保小麦高产稳产的重要措施。
铁肥小麦每形成1吨干物质，需要吸收232克铁。缺铁时，叶色黄绿，出现小斑点，嫩叶出现白色斑块或条纹，老叶早枯。施用方法：在小麦生长前期或发现植株缺铁时，用0.2%～0.3%硫酸亚铁溶液对叶面进行喷施。
硼肥小麦每形成1吨干物质，需要吸收18克硼。缺硼时，茎叶肥厚弯曲，叶呈紫色，顶端分生组织死亡，形成“顶枯”，花丝伸展和分蘖均不正常，麦穗发育不好，结实率极差，严重时后期“穗而不稔”。在缺硼土壤上施用硼肥，可使小麦增产10%以上。施用方法：（1）作基肥。每亩用硼砂1千克，于播种前施入土壤。（2）作种肥。用硼砂10克，溶于5千克水中，拌麦种50千克，或将选好的麦种放入0.01%～0.05%硼砂溶液中浸泡6～12小时。（3）根外追肥。在小麦苗期、拔节期和孕穗期，用0.1%～0.2%硼砂溶液各喷一次。
锰肥小麦每形成1吨干物质，需要吸收26克锰。缺锰时，初期脉间失绿黄化，并出现黄白色的细小斑点，以后逐渐扩大，连成黄褐色条斑，靠近叶的有一条清晰的组织变弱的横线，造成叶片上端弯曲下垂；根系发育差，有的变黑死亡；植株生长缓慢，无分蘖或很少分蘖。施用方法：（1）作基肥。每亩用硫酸锰1千克，结合整地施入土壤。（2）作种肥。播种时，每千克麦种拌入4～6克硫酸锰。（3）根外追肥。在小麦苗期、拔节期、扬花期或植株出现缺锰症状时，用0.1%～0.2%硫酸锰溶液叶面喷施。
铜肥小麦每形成1吨干物质，需要吸收8克铜。缺铜时，新叶呈灰绿色，叶尖白化，叶片扭曲，叶鞘下部出现灰白色斑点或条纹，老叶易在叶舌处折断或弯曲；植株节间缩短，抽穗少，严重时不能抽穗或穗形扭曲，籽粒发育不全或皱缩。施用方法：（1）作基肥。每亩用硫酸铜1～1.5千克，整地时施入土壤。（2）作种肥。播种时，用硫酸铜按种子量的0.2%～0.3%拌种，拌匀后堆闷12～17小时。（3）根外追肥。生长期发现小麦缺铜，及时用0.2%～0.4%硫酸铜溶液对叶面进行喷施。
锌肥小麦每形成1吨干物质，需要吸收2l克锌。缺锌时，植株矮化丛生，叶缘扭曲或皱缩，叶脉两侧由绿变黄直至发白，边缘出现黄、白、绿相间的条纹。据各地对比试验，在缺锌地区施用锌肥，可使小麦增产10%～18%。施用方法：（1）作基肥。每亩用硫酸锌1～2千克，整地时施入土壤。（2）浸种。将选好的麦种放入0.05%硫酸锌溶液中，浸泡12～24小时，捞出后晾干播种。（3）作追肥。在小麦苗期，每亩用硫酸锌1千克，兑细干土或有机肥15～20千克，开沟施于行间，愈早效果愈好。（4）根外追肥。在小麦苗期、拔节期和抽穗以后，或在植株出现缺锌症状时，用0.1%～0.2%硫酸锌溶液对叶面进行喷施。
钼肥小麦每形成1吨干物质，需要吸收0.87克钼。缺钼时，植株矮小，生长缓慢，叶片端部首先褪绿，接着在心叶下部的全展叶上，沿叶脉出现细小、平行的黄白色斑点，并逐渐连成线状或片状，叶片端部干枯，严重时全叶枯死。施用方法：（1）拌种。每千克麦种用钼酸铵2～6克；先用40℃温水将钼酸铵溶解，然后拌种。（2）浸种。用0.05%～0.1%钼酸铵溶液浸麦种12小时，捞出后晾干播种。（3）根外追肥。在小麦苗期、拔节期、孕穗期或植株出现缺钼症状时，用0.01%～0.1%钼酸铵溶液对叶面进行喷施。