大棚用肥的种类繁多，按照使用类型分为有机肥、无机肥等。按使用方法分为基肥、追肥。寿光棚菜基肥一般是鸡、鸭、猪肥，豆粕、大豆并辅之部分化肥。用什么样的肥料、用多少，应注意哪些事项，笔者根据近年来的考察，提出以下几点建议。
一、各类肥料的特点
(一)畜禽粪肥养分全，适当增施能高产。畜禽粪肥的养分含量，有机质和大、中、微量元素几乎都有，特别是有机质含量能达到90%以上，对于改良土壤，养根发棵，优质高产至关重要。畜禽粪肥属迟效肥料，肥效持久而缓慢，需要在微生物分解转化以后才能供作物吸收，在冬春季节，一般需要15-20天才能发挥肥效。因为后劲足，所以能抑制早衰。因为畜禽肥料含有较多的氨基酸和芳香族类物质，适当增施对果实的颜色、光泽、酸甜度都有较大的影响，坚持使用畜禽肥料，果实甜香好吃就是很好的证明。
畜禽粪肥所含矿质养分不是太高，即磷、钾、钙、镁等都是有限的，尤其是氮素在腐熟过程中大量流失，含量不足，远远不能满足作物盛果期的需要，因此要把握好两点，一是施肥数量要大。按寿光的经验做法，一般每亩地基施10方左右。二是初果期以后要及时追施化肥，补充化学元素的不足。稻壳鸡鸭粪养分含量更低，每亩基施20方以上也是可以的，但连续多年大量施用，能造成土壤深层土传病害加重，作物主根系黑褐色坏死。禽畜粪肥不能鲜用，必须经过腐熟后施用，通过腐熟能杀灭大部分有害菌和害虫卵，并能使有害气体分解排放，否则肥害烧根，有的能造成重大损失。腐熟之后的禽畜粪不但能做微肥，也是很好的追肥，随水冲施多次，对于防早衰增产效果显著，其优点是化肥不能比拟的。禽畜粪肥做基肥或追肥，与三元复合肥配合施用。
(二)生物菌肥作用大，改土养根要靠它。
随着大棚菜的重茬种植，土传病害和自毒物质的积累日趋严重，尤其是土壤颗粒吸附的矿质元素越来越多，呈现不溶解态的化合物，引起土壤盐渍化。要改变土壤恶化的态势，单纯依靠化学农药进行土壤处理，显然是难以做到的。通过生物菌肥的施用，可以有效地解决土壤问题。首先，菌肥中的芽孢杆菌或酵母菌等，如果达到足够的数量，就会形成一定的有益菌群，有益菌群在作物的根际一是能限制有害微生物的繁殖侵染，抑制或“吃掉”有害菌，所以具有防治土传病害的作用。二是芽孢杆菌等能分解作物的自毒物质，也能分解土壤中已被固定的矿质元素，使多年不能被作物吸收的营养被重复激化利用，因而土壤中的含盐量也就逐渐减少，达到减轻盐渍化的目的。
生物菌肥中的有效菌数量，即活菌数是判断菌肥优劣的重要指标，一般以含活菌数每克达到2亿个以上的为好。活菌数与菌肥的母液或基质密切相关，如果基质含有较多的氮磷钾，活菌数就不可能太高，因为PH值的变化和基质的营养不足可能使有益菌不能存活。另外，土壤水分和地温也是限制生物菌作用的重要因素。购买生物菌肥时，一是要看品牌，如激968，三炬微生物菌剂，大源、三忠微肥等。二是看有益菌的含量，一般来说，活菌数越多越好。三是看出厂日期，半年期以内的比存放时间长的含量高。
生物菌肥的施用有基施、穴施、沟施和冲施，施用时要注意土壤湿度，当土壤湿度较大时，生物菌才能繁殖和扩展。其次是土壤温度要适宜，地温太高太低都能影响有益菌的存活和作用，一般超过35℃或低于12℃是不适宜的，所以用了生物菌肥后不能进行高温闷棚。再是生物菌肥可以和有机肥混施，有机肥同时作为有益菌的基质，为其提供更多的营养而增强其活性，但与化肥混施时一定要慎用，尤其是穴施、沟施和冲施时，化肥用量一定要少。另外，使用生物菌肥后，一般不能用剂进行灌根和冲施，特别是和铜制剂类。