当破皮而出，称“发芽”或“萌发”，农民俗称“露白”或“扎根”。之后，棉苗破土至两片子叶展开，是谓“出苗”。而棉苗中耕要遵循：一是苗期根深远大于苗高；二是苗期根系生长速度远快于植株。
以上是棉花根系生长的一般规律，但根系能否健壮生长取决于土壤环境。除了要有较好的营养条件，还要具备一定的热量、水分和通气条件。中耕是促进棉花根系发育的主要措施，但近年农民管棉越来越图省事，很少见到齐苗前中耕的了。其实首次中耕在播种完成后就可开始，不必等到苗出齐之后。中耕越早，保墒的效果越好，提高地温的可能性也越大，而且这时农活不忙，时间上也更从容。雨后要及时中耕松土，破除板结，一旦地表变干变硬，再想中耕也难进行了。中耕要逐次加深，中耕方法首推机器，省人工，效率高，质量好。
苗期中耕还可预防和控制棉苗立枯病的发生和发展。棉苗患立枯病后，常造成点片死苗，严重时成片死苗。主要是立枯病菌浸染所致，土壤温度低、湿度大、不通气三条皆备时，极易造成该病的蔓延和暴发。所以发现立枯病苗后，揭膜和喷剂都不奏效，可行的办法就是立即进行行间中耕，使土壤增温、通气、降湿，同时保蓄土壤下层的水分，促根系下扎、侧根早发、根颈部尽快木质化，立枯病病情自然就减轻了。