控制农药残留的主要有3种措施。
（1）我国已制订了“农药使用标准”和农药合理使用准则，国家烟草专卖局及各省市烟草公司每年均颁发烟草农药的有关文件及通知等，应严格遵守国家及有关部门颁布的用药准则进行施药，防止和减少农药在烟草及其他农、畜产品和环境中的残留。
（2）禁止或限制使用剧毒和高残留农药。
（3）严防不按规定范围使用农药。我国已禁止使用的农药品种有汞制剂、氟乙酰胺、六六六、滴滴涕、二溴乙烷、二溴丙烷、敌枯双、三环锡、杀虫脒和毒鼠强等。
国家烟草专卖局公布的“2001年农药公告”中禁止在烟草上使用的农药品种（或化合物）有44种：六六六、林丹、敌菌丹、杀虫脒、乙酯杀螨醇、滴滴涕、滴滴滴（TDE）、2，4，5-涕、桃小灵、苯硫磷、溴苯磷、速灭磷、内吸磷、久效磷、甲胺磷、对硫磷、甲基对硫磷、磷胺、八甲磷、乙基己烯乙二醇、六氯苯、氯丹、七氯、氯乙烯、五氯酚（PCP）、除草醚、黄樟素、硫酸亚铊、克百威（呋喃丹）、丁酰肼（比久）、汞化物、赛力散（PMA）、砷化物、氰化合物、乐杀螨、二氯乙烯、环氧乙烷、除草定、氯化苦、氟乙酰胺（敌蚜胺）、草枯醚、2，4滴丁酯、乙草胺、三氯杀螨砜。